22日，刘肇下诏：让百姓们多蓄蔬食，以代替五谷。有陂池的地方，听任百姓采取，免收二年租税。
10月，太尉尹睦去世。11月6日，太仆张酺升任太尉。刚一上任，张酺便与尚书张敏一起上奏“曹褒擅制汉礼，破乱圣术。宜加刑诛”刘肇被他们连续五次的上奏也搞烦了。只得下令废除曹褒所制定的汉礼。
本年，武陵郡官兵平定当地的蛮族叛乱。
本年，豫州刺史、梁国相上书告发刘肇的七叔、梁王刘畅有反心。刘畅曾与其属下一个叫卞忌的官员去祠祭求福，卞忌拍马屁说“神言王当为天子”刘畅表现的很开心。建议皇帝立即把刘畅下狱审问。刘肇不许，只削去了梁国的成武、单父二县以做惩戒。
本年，新上任的护羌校尉贯友必须面对他的前任聂尚搞出来的羌族叛乱。贯友的办法是用重金分化瓦解羌族各部落的同盟。成功之后，贯友便派兵出塞，攻打在大小榆谷的烧当羌酋长迷唐，斩首俘虏八百余人，收麦数万斛。又在逢留大河岸边筑城造桥。迷唐大败后，率部远遁赐支河曲。
本年，南匈奴休兰尸逐侯鞮单于屯屠何去世。其堂弟、伊伐于虑鞮单于之子、左贤王安国继任单于。屯屠何之侄、盆僮尸逐侯鞮单于之子、左谷蠡王师子升任左贤王。师子勇黠多知，前两任单于：宣、屯屠何在位时，常常让他率兵出征，攻打北匈奴等族。于是，国中尽敬师子而不附安国。安国便想笼络新降的那些北匈奴，一起除去师子。谁料此计划被师子觉察，师子便带着自己的手下来到五原郡内驻扎，对安国的征召，每次都称病不往。而东汉朝廷任命的度辽将军皇甫稜也袒护师子，安国怀愤益甚，却无可奈何。
永元6年（94）1月，在安国的强烈要求下，汉朝政府终于将皇甫稜罢免，改命执金吾朱徽为度辽将军。但还有一个中郎将杜崇，仍然守皇甫稜之遗规，反对安国，却没被一起罢免。于是安国再给汉朝上书，要求罢免杜崇。可谁知杜崇竟事先让西河太守截住匈奴使者，不使通信。然后又与朱徽一起向朝廷上奏“南匈奴单于安国，疏远旧胡，亲近新降，欲杀左贤王师子、左台且渠刘利等人，反叛汉廷。建议让西河、上、安定等郡加强戒备”汉和帝刘肇命公卿就此事商议，大家一致以为应派人前往单于庭，实地观察动静。一旦有变，可与杜崇、朱徽、西河太守等人在前方便宜行事。
朱徽、杜崇随即发兵攻打单于庭。安国夜闻汉军猝至，大惊之下弃帐逃去。等到汉兵回国之后，安国越想越气，就率举攻打师子。师子预先得知消息，率众避入曼柏城。安国攻城不下，便率兵移驻五原郡，双方对峙。
度辽将军朱徽派人来给双方讲和，安国置之不理。杜崇、朱徽便再发大兵，征讨安国。内外交困之下，安国的舅舅、骨都侯喜害怕了，便杀掉安国，迎立师子为亭独尸逐侯鞮单于。
21日，司徒丁鸿去世。
2月8日，刘肇派谒者分行三河、兖、冀、青州，赈济贫民。
20日，司空刘方转任司徒、太常张奋升任司空。
3月3日，刘肇下诏赈济流民。9日，命三公、中二千石、二千石、内郡守举荐贤良方正、直言极谏者各一人。刘肇亲临策问，选补郎吏。
4月，蜀郡徼外羌人遣使内附。
5月，刘肇的七弟、城阳王刘淑去世。因无子而国除。
7月，京师洛阳大旱。刘肇下诏：天下刑徒们减免一半的刑罚。2日，刘肇又亲自到洛阳寺中，录囚徒，举冤狱。将洛阳令下狱，司隶校尉、河南尹降职。这些事都做完后，大雨即刻倾盆而降！
7月，班超征发龟兹、鄯善等西域8国共7万军队，征讨以焉耆为首、因杀害过前西域都护陈睦，而不敢前来投降的三个小国。进入焉耆国境，班超便派人诱焉耆王广、尉犁王泛二人前来。二王来到陈睦故城见班超，被班超当场拿下斩首，传首京师。接着，班超下令纵兵钞掠，共斩首5千余人、俘虏15千人。
最后，班超立元孟为新的焉耆王。留在焉耆国中半年，慰抚人心。至此，西域五十余国，终于全数归附汉朝。在窦宪之后，班超实现了汉朝域外军事行动的另一个高峰！
曾经，班超仰望前人张骞、傅介子，而这些英雄的前辈，都被他如今的闪亮光芒盖住了！在西域这块土地上，如说前者是开路人，那班超才是真正的集大成者！因他比前辈飞得更高，走得更远。
远到哪个程度？史载：班超的威望，甚至远播欧洲的地中海之滨！所谓的蛮夷外国，不远四万里，经数道翻译，风尘仆仆而来，就为一共同的梦想——向汉朝进贡！跟汉朝打交道，成了这些外国使者毕生的梦想…
班超为伟大的汉朝，打开了壮阔的视野和历史。而且就差那么一点，班超就能实现完美的飞越了！因奇迹的历史，仿佛已到了极限，就在那个完美临界处竟停止不动了——班超差点打通了东西方文明的通道！
为什么说差点？是因班超派使者出使大秦帝国（罗马帝国），可能只走到了波斯湾，听说路途遥远就打道回府了…历史是爱开玩笑的，这次如不是开玩笑，那就真的是一项遗憾艺术了…
