师子成为了南匈奴单于，那些投降的北匈奴人因受安国之恩、师子之欺，他们很不乐意。所以他们集合了五六百人，准备夜袭师子。幸亏汉将王恬率兵及时赶到，夜袭失败。但经此一战之后，降胡与师子之间的矛盾更加激化，终于导致15部20余万人皆反，胁立师子的堂弟、前单于屯屠何之子、薁鞮日逐王逢侯为单于，正式与师子分道扬镳！他们杀略吏民、焚烧邮亭庐帐，出塞北去，准备重新建立北匈奴。
9月，刘肇命光禄勋邓鸿行车骑将军事，与越骑校尉冯柱、度辽将军朱徽、乌桓校尉任尚率四万大军前去讨伐逢侯。而南单于师子这时正与杜崇驻兵牧师城，等着汉朝大军到来，便一齐挥师北伐。谁知逢侯竟先发制人，率万余骑前来攻打牧师城。
11月，邓鸿率大军来到西河郡美稷县，逢侯急忙解围撤兵，往五原郡满夷谷退去。师子派自己的儿子率兵万骑、杜崇率四千骑，与邓鸿大军会合，一路追击逢侯至大城塞，斩首4千余人。接着，任尚更率鲜卑、乌桓之兵继续追击至满夷谷，又是一场大胜，前后共斩首17千余人。逢侯率残兵出塞北逃，汉兵未能远追，选择退兵回国…这样，本来一个好好的南匈奴，又分裂成了南、北二部。
本年，武陵郡溇中蛮叛乱，被平定。
本年，刘肇任命大司农陈宠为廷尉。陈宠执法，务从宽恕。开始改变刘秀光武中兴以来的执法刻敝之风。
本年，刘肇又想任命尚书令黄香为东郡太守。黄香推辞说自己不适宜做地方长官，还是中央这种宫台烦事适合自己。刘肇同意了，继续让黄香留任尚书令，并增秩二千石，甚见亲重。
永元7年（95）1月，邓鸿留下冯柱率虎牙营驻守五原郡，自己率大军回国。可一回去，就被弹劾率大军逗留失利，下狱论死。紧接着，朱徽、杜崇激化师子、安国二人的矛盾，又用不正当手段禁止安国上书，以致造成南匈奴离叛…这诸事也被揭发出来，二人也下狱论死。
4月1日，日食。汉和帝刘肇集合公卿、将、大夫、御史、谒者、博士、议郎、郎官集议，命众人推荐宽博有谋、才任典城者30人，全部任命为郡守、国相。7月26日，赵国易阳县地裂。9月25日，京师洛阳地震。
本年，刘肇的四伯、乐成王刘党因杀害无辜，被削去东光，鄡二县。
永元8年（96）3月14日，刘肇立阴丽华大哥阴识的曾孙氏为皇后。赐天下男子每人二级爵位；三老、孝悌、力田者每人三级爵位；流民每人一级爵位。鳏寡孤独等社会弱势群体每人粟5斛。
4月18日，乐成王刘党去世。其子刘崇继立，但次月又马上去世。因无子而暂时国除。
19日，刘肇下诏赈济并州四郡贫民。5月，河内、陈留二郡蝗灾。
5月，南匈奴右温禺犊王乌居战反叛汉朝，率众出塞。7月，度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱奉命追击，大胜而归。将其余众2万余人安置于安定、北地二郡。7月，戊己校尉索覠准备废掉车师后王涿鞮，涿鞮认为汉朝这定是听信了车师前王尉毕大的挑唆，一怒之下，就率兵前去攻打车师前国，俘虏了尉毕大的妻子。
8月，刘肇下诏对天下刑徒减死罪一等，发往敦煌郡戍边。犯大逆者处以宫刑。各种犯罪皆可纳钱赎罪。
9月，京师洛阳蝗灾。汉和帝刘肇下诏罪己。
10月23日，六年多前以汉章帝刘炟遗诏名义复立的北海王刘威因非刘睦嫡子，又被人告发诽谤朝廷，有罪自杀。北海国暂时国除。
本年，护羌校尉贯友去世，汉阳太守史充继任之后，便征发起湟中的羌胡大军，出塞攻打迷唐。结果反被迷唐杀败，伤亡数百人。史充被罢官，由代郡太守吴祉继任。
永元9年（97）1月，永昌郡徼外蛮夷及掸国遣使奉贡。
3月，西域长史王林击斩车师后王涿鞮。
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