到19世纪初，骑士团因失去在欧洲的优先区而严重削弱。</p>
骑士团收入的仅10来自传统的欧洲来源，其余90由俄罗斯大优先区生成，直到1810年。</p>
这部分体现在1805年至1879年间，骑士团的治理由副官而非大团长负责，直到教皇利奥十三世（pope leo xiii）恢复了大团长职务。</p>
这标志着骑士团作为人道主义和宗教组织的复兴。</p>
1806年9月19日，瑞典政府向骑士团提供了哥特兰岛（gotnd）的主权。</p>
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由于这意味着骑士团要放弃对马耳他的主张，骑士团拒绝了这一提议。</p>
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法国占领马耳他的军队将医院骑士团驱逐出境。</p>
在马耳他被夺取与总和平之间的十七年间，“选举一位兄弟首领以履行大团长的职务，从而保持这个主权机构的活力，这一形式上的工作得到了恪守”。</p>
大团长的副手和临时大团长职位由大执事（bailiff）长、索尔提科夫伯爵（unto ltikoff）、乔瓦尼·托马西（giovanni toasi）、德·加维拉（de gaevera）、乔瓦尼·耶·塞特内尔斯（giovanni y centelles）、德·坎迪达（de candida）和科洛雷多伯爵（unt lloredo）担任。</p>
他们的任期持续到保罗皇帝于1801年去世。</p>
《亚眠条约》（treaty of aiens，1802年）要求英国撤出马耳他，马耳他将被恢复给重新建立的圣约翰骑士团，其主权将由所有主要欧洲强国保障，并将在最终和平时确定。</p>
然而，由于英国对该条约的异议，这一安排并未实现。</p>
波拿巴拒绝了英国关于马耳他十年租约的提议，促使英国重新激活对法国海岸的封锁。</p>
英国于5月18日对法国宣战。</p>
1802年的条约从未得到实施。</p>
英国以法国在西印度群岛、意大利和瑞士的帝国主义政策为由恢复了敌对行动。</p>
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1815 年维也纳会议（ngress of vienna）确认失去马耳他。</p>
短暂居住在墨西拿（ssa）、卡塔尼亚（catania）和费拉拉ferrara）后，骑士团的总部于1826年迁至费拉拉，1834年迁至罗马。</p>
位于康多蒂路68号的骑士宫（agistral pace）和阿文蒂诺山（avente hill）上的骑士别墅（agistral vil）享有治外法权。</p>
从1839年到1841年，伦巴会议首次有三名女性参与62名与会者。</p>
2020年11月1日，教皇方济各任命西尔瓦诺·托马西（silvano toasi）大主教（后来成为红衣主教）取代贝基乌，成为其在骑士团的特别代表，重申了该职务作为其唯一代表的职责。</p>
2022年9月3日，教皇方济各公布了骑士团的新宪法，并对主权委员会进行了临时任命。</p>
他安排于2023年1月25日召开特别全章会议，以便在此期间对他的临时任命进行常规任命。</p>
1月26日，全章会议对主权委员会进行了六年任期的选举，选出了与方济各去年9月任命的四名成员相同的成员，以及他所命名的九名顾问中的六名。</p>
2023年6月19日，教皇方济各任命贾恩弗兰科·基兰达（gianfran ghirnda）红衣主教接替伯克担任骑士团的赞助人。</p>
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