按照明智光秀的计划由明智左马介光春攻织田信长住宿的本能寺，明智治左卫门攻二条城和织田信忠泊住宿的妙觉寺，明智光秀坐镇三条堀河。
在不知不觉的情况下，本能寺被重重包围，明智光秀布置了三重包围圈。第一重四天王但马，第二重村上和泉，第三重三宅式部。除此之外，本能寺周围所有的出口都有二三百人负责把守。
六月一日子时，明智军完成了对本能寺的包围。这么大的军事行动，不可能不被人察觉。听到四周的动静后，信长所带来的小姓们开始骚乱。如此一来惊动了织田信长，信长最初还以为是侍卫们吵架，刚才爬起身准备斥责，就在这时传来铁炮（老式火铳）发射的声音。
久经战阵的织田信长立即就判断出这是针对自己的，他招手叫过来一个叫森兰丸的小姓（年轻侍从）命令道：“这一定是有人反叛我，你去看看是谁。”
森兰丸领命而去，他爬到本能寺的院墙上往外一看，之间到处都是黑压压的部队。森兰丸看清楚对方旗号之后，跳下院墙跑到信长身边禀报：“大人，是桔梗旗印，像是惟任日向守的部队！”
信长大惊：“明智光秀！他怎么会背叛我？哼，定是因为被我训斥几句怀恨在心，这个阴险小人，他是不会成功的。叫上我们的人拼死抵抗，只要不让他们攻进来，信忠的部队就会来救我们。”
“嗨衣！”
森兰丸说的“惟任日向守”，正是信长麾下大将明智光秀，他当时官位为正六位下日向守，因曾通过信长向朝廷求得“惟任”的古老姓氏，因此习惯被称为“惟任日向守”。
知道明智光秀谋反后，织田信长亲自上阵率领小姓们拼死抵抗，但是他太自负也太大意了，这次来京都信长只带了百十个人，和明智光秀的万余大军相比，简直连个泡都打不起来。
激战过程之中，在本能寺御马屋附近，有马郎、藤八、新六、彦一、弥六、熊、小驹若、虎若等二十四人战死；御殿内有小姓森乱、森力、森坊兄弟三人、小河爱平、高桥虎松、金森义入、菅屋角藏、鱼住胜七、武田喜太郎、大冢又一郎、狩野又九郎、蒲田与五郎、今川孙二郎、落合小八郎、伊藤彦作、久々利龟、种田龟、针阿弥、饭河宫松、山田弥太郎、祖父江孙、柏原锅兄弟、平尾久助、大冢孙三、汤浅甚介、小仓松寿等战死。
明智军没用多长时间就攻入本能寺，织田信长只能在残存的小姓保护下且战且退，最后退入大殿之内。
