1865年浩罕国司令阿古柏入侵新疆，阿古柏自立为汗。此时清廷无力顾及，只好对此睁一只眼闭一只眼。 1865年2月，太平天国四川总制金彪带制直属部队和从四川各处调集湘勇、绿营、团练共三万多人，在成都城下设立营垒，又飞奏朝廷调各路清军援川。1865年3月10日，各路清军在成都城下筑垒完毕，下午，朱志鑫一声令下，两个旅一齐用野炮轰击城外清军营垒，又用步枪远射，清军营垒也有枪炮，奈何射程不够，只有挨揍的分。傍晚时分，营垒清除，到处都是清军尸体。见事不可为，带亲兵从万里桥下船，与提督胡中和等一干清兵大员坐炮舰奔湖北去了。西门，四川将军崇实、都统富森保仍在指挥二千多八旗军顽抗，虎嵩林找到他们，传骆秉章的信，请将军快到万里桥下舰，崇实跟虎嵩林去了，富森保不逃，坚持战斗，崇实走后，一发枪弹击中富森保面门，富森保倒地而亡。战至当夜子时，城内三万多清兵及团练已基本肃清，城外来援成都的三万清兵也伤亡大半，余者皆降，成都乃下，缴获钱粮器械无数，火药五十万斤、硝石十万担。此战，太平军仅两旅野战军两万多人，凭借枪炮等大量先进火器的灵活运用及先进的三三制战术协作精神攻取六万多清军守护的坚固成都城，以少胜多，伤亡不到二千人。 攻取成都城后，各地清军兵力空虚，四川天道教各地教徒起义，配合太平军攻城。不到一月，朱志鑫以六个步兵营连下叙州府、夔州府、宁远府、雅州府、嘉定府、绥定府等六府，以八个加强步兵队攻取茂、邛、眉、泸、资、忠、永宁、酉阳八州，又以两个骑兵卒配四个步兵营攻取杂谷、松潘、懋功、石砫四厅。 至1865年4月21日，太平军占领四川全境，接着，四川刺史王义刚和四川总教卓不群、统制金彪来到成都，着手建立四川各地政权机构和地方部队。
