紧接着，皇甫嵩也出动了。他率兵杀进郿坞，去诛杀董卓家族。董旻、董璜，甚至董卓90岁的老母亲一个都没放过，全部斩首。又从郿坞中搜出金二三万斤，银八九万斤，锦绮奇玩无数，全部搬回皇宫。
最后，董卓的尸体则被拖到长安大街上示众。阴历4月23日天气已渐渐转热，董卓又肥，他身上的油脂流了一地。有好事者找来一根灯芯，插进董卓的肚脐点燃。据说竟然亮了整整一天，可谓长安奇观。袁氏的门生故吏还将董氏一族的尸体全部搬至袁氏墓前，将其焚骨扬灰。
董卓燃灭了自己，却没能照亮大汉朝的黑夜。那些街头狂欢的百姓们，以为他们的冬天即将过去，春天即将到来，但他们没想到：长夜才刚刚降临，更残酷的杀戮正徐徐拉开于黑沉沉的大地之上…
随后，汉献帝刘协下诏：司徒王允录尚书事，总理朝政。封吕布为奋威将军、假节、仪比三司、温侯。派张种为使者，前往抚慰关东各诸侯。
董卓死后，先前因刺杀董卓密谋败露而下狱的荀攸被从狱里放出。而曾被董卓重用的一代文宗蔡邕却被牵连而死于狱中。
当时，蔡邕在听到董卓的死讯后惊叹了一声，坐在他旁边的王允立即翻脸“董卓逆贼。几亡汉室。今日伏诛，普天同庆。君为汉臣，却顾念董卓私遇，流露伤痛。莫非同为逆党吗？应交付廷尉审讯”蔡邕立即谢罪道“邕身虽不忠，古今大义，自也知晓。岂会背国而向卓？只是听到董氏全族被诛，一时生感，遂至叹息。蔡邕知错。愿受黥首刖足之刑，只求不要杀我。因如今我正在写作《东观汉纪》这部史书，我想把它写完”
百官也纷纷为蔡邕求情。太尉马日磾专门来见王允“蔡邕旷世逸才，又熟识汉事，他写的汉史定能成一代大典。今虽有罪，也尚不至于判其死刑。不如就依他所请，惩以小戒，让他写完汉史吧”没想到王允却坚决反对，还举了一个例子“当年司马迁为李陵辩护而触怒汉武帝，汉武帝却没杀他，还让他写成了一部谤书(即二十四史之首的《史记》)流于后世。如今国祚中衰，四方动乱，若再使佞臣伴侍幼主，执笔舞文，不但无补圣德，亦会使我辈蒙受讪议”听到王允这番话，实在不得不让人庆幸王允没能生在武帝时代，要不然司马迁还能活吗？《史记》还会流传后世吗？事实也正说明王允杀蔡邕不仅是冤案，且影响极其恶劣。一个月后，董卓部将之所以造反，血洗长安，甚至王允本人都被杀，直接原因就是王允此时对蔡邕的大开杀戒！
马日磾听到这番‘欲加之罪何患无辞’的说法之后，不禁也摇头叹息“王公恐命不久矣。善人，国之纪也。制作，国之典也。如今王公却要杀蔡邕、毁史书，灭纪废典，这是天不佑他啊”最后蔡邕惨死于狱中。
4月，百万青州黄巾军入寇兗州，兖州刺史刘岱不听济北国国相鲍信的劝谏，出兵与战，结果在东平国兵败被杀。消息传到东郡，曹操的部将陈宫立即认识到这是一天赐良机。就像袁绍占据冀州一样，曹操也需要一块根据地。陈宫自告奋勇，愿前往兖州，游说别驾、治中等人，让曹操入主兖州。
鲍信等人被陈宫说动，派了一个叫万潜的州吏前往东郡，迎接曹操来担任兗州刺史。曹操率兵在东平国寿张县东与黄巾军激战。先败后胜，终于站稳脚跟。不过鲍信在此战中不幸战死。身在长安的汉献帝刘协又派来一个叫金尚的人来做兗州刺史，曹操丝毫不给面子，直接把人赶走，去投奔袁术去了。
5月10日，汉献帝刘协大赦天下。20日，征西将军皇甫嵩被任命为车骑将军。
虽然大赦天下，但对董卓旧部该如何处置，吕布、王允等人却意见不同。吕布认为要尽杀之。王允反对“此辈无罪。不可”吕布又提出要将从郿邬搜出的董卓搜刮到的财物赏赐文武百官，王允又不同意。二人虽同执朝政，但王允始终把吕布看成一介武夫，吕布则自恃诛董之功，多自夸伐，二人渐生嫌隙。
王允与士孙瑞商议，准备颁诏，特赦董卓旧部。突然又反悔起来“这群逆党，不应轻赦。还是等将来再说吧”又有人劝王允应将董卓这支部队交由皇甫嵩统领，驻守陕州。王允也有顾虑“今若距险屯陕，虽可安凉州士兵，却会疑关东诸侯之心。不可也”
就在王允的迟疑，一股流言正不胫而走，传的沸沸扬扬，说朝廷准备尽诛凉州之人。而吕布的行动仿佛更证实了这一流言。吕布命李肃前往陕县，去杀正在那里的董卓女婿牛辅。不过李肃没有打过牛辅，兵败后逃往弘农郡，被吕布杀掉。牛辅也知如今情况不妙，赶走李肃后就踏上了逃亡之路。不过没等他逃出多远，就被自己的左右所杀。
这一流言吓坏了董卓的旧部。尤以三个月前奉命往河南中牟去击退朱俊的李傕、郭汜、张济三将为最。他们遣使往长安，请求朝廷特赦。但被王允一口拒绝“刚刚才大赦过天下。一岁不可再赦”这下糟糕了。连蔡邕这样仅仅为董卓之死叹息了一声的士大夫都要被杀，何况我们这些本就是董卓的旧部呢？三将商量下来，决定解散部队，各自逃归乡里。
然而，这时有一个人的突然出现打乱了历史的进程，让这场天下大乱愈发的不可收拾：讨虏校尉贾诩对三将说“你们若放弃兵权，那能逃到哪里？一个亭长也足以收拾你们。你们不如以‘为董公报仇’为名，西行攻打长安。若是成功，则奉天子以正天下。若失败了，再逃也不迟啊”
就这样，李傕、郭汜、张济三将听从了贾诩的建议，率领数千兵马，往长安杀去。一开始，王允也没放在心上，派了手下的两个凉州人：胡文才、杨整修前去劝释。可没想到这二人一见三将，便将长安城内王允与吕布不和之事全盘托出，并要三将火速进兵。
三将一路上收容董卓旧部，到达长安城下时，又与樊稠、李蒙二人会合，此时已有众10余万。但长安城城防坚固，叛军连攻八日都没能得手。6月1日，因有来自于蜀地的吕布部下内反，打开长安城门，引叛军入城。吕布凭一己之勇，率数百骑与叛军交战。终因寡不敌众，吕布将董卓的首级系在马上，便逃出长安城去。经过青琐门时，招王允一同逃跑。王允拒绝“若蒙社稷之灵，上安国家，吾之愿也。如其不获，则奉身以死之。朝廷幼少，恃我而已。临难苟免，吾不忍也。努力谢关东诸公，勤以国家为念”
太常种拂、太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀等多人在这场动乱中被杀。官吏百姓死者万余人，狼藉满道。
