然而随着研究的深入乔纳森越来越感到痛苦内疚，因为他发现这试验几乎毫无人性，他亲眼看着有参加试验的人活活痛苦而死，那种场面对其内心造成了极大的震撼，渐渐乔纳森萌生了退出这项试验的想法，只是他知道自己参与的事过于机密，教会未必肯轻易放自己离开，然而最终因为一件意外彻底坚定了乔纳森退出的决心。
正如之前杰洛士所说人造混血种至今只有五个成功并且存活下来的案例，而其中第一个还逃出了教会，而发生这件事时乔纳森正好在场，实际上他的腿就是当时受了重伤，这才导致残疾的，那次的事教会损失惨重，乔纳森自己也是死里逃生，受此刺激乔纳森是坚决不肯再留在教会了，他以腿有残疾，难以再为教会服务为由提出辞职。
乔纳森在整个实验中算不上核心成员，对于他的去留原本教会并不在意，但教会不希望这件事公之于众，故此对乔纳森多方挽留，最后甚至流露出打算杀人灭口的威胁之意，不过乔纳森也早有准备，在教会供职的这些年他掌握了一些教会高层不可告人的秘密，并且成功把证据送到了外面，他以此为筹码要挟教会放过自己，最终教会经过权衡觉得以乔纳森的能量不会对己方造成太大的威胁，反而事情要是闹大倒有些得不偿失，于是在得到乔纳森不会泄露这段经历的承诺之后就接受了其的辞职。
乔纳森倒也信守承诺，离开教会之后没有大肆宣扬自己所知的那些事，而是来到了相对偏僻的葛兰西瓦尼亚隐居了起来，他辞职时教会为了封口给过他一笔钱，加上在本地经常有人来找他看病求药，故此乔纳森的日子过得虽然谈不上奢华，倒也安稳，原本他都打算就这样平淡终老，然而命运似乎并不打算放过他。
今天早上他刚一起床家里就来了一群不速之客，正是阿库娅跟奥利维亚等人，当初人造混血种试验阿库娅是重要的参照物，所以乔纳森跟它很熟，一见面就大吃一惊，他知道这位是个半疯，它来是准没好事，偏偏自己又跑不掉，结果一聊乔纳森才知道是怎么回事，原来教会也是最近才得知乔纳森原来隐居在了这里，他们担心翡翠河谷里罗杰镇太近，万一乔纳森落入赵旭等人手里对教会很不利，而且乔纳森辞职之后人造混血种计划又经历了几次大的事故，许多研究骨干陆续丧命，如今他们很需要有经验的相关人员，乔纳森的专业素养是经受过考验的，所以联军高层一商议就让阿库娅等人来“请”乔纳森过去，当然说是“请”，可却由不得乔纳森不答应。
乔纳森清楚教会的作风，当时就颇为着急，经过这几年清静安稳的日子他是真不愿再去替教会干那种灭绝人性的事了，可他也明白如今事态由不得自己，于是他只得跟众人软磨硬泡，结果就在僵持的时候赵旭他们一行来了。
阿库娅她们虽然不认识赵旭，但对叶菌是太熟悉了，一看是她就隐约猜到了什么，于是阿库娅等人一商议决定暂时躲起来，伏击赵旭一行人，并且逼着乔纳森帮他们，后者知道阿库娅心狠手辣，不听它的当时就得死，无奈之下只得照办，即便如此乔纳森也还算有些人性，一开始故意赶赵旭等人走，当时那声咳嗽就是红发少女奥利维亚发出的，她们把乔纳森叫回去一顿打骂，威胁他如果不把赵旭等人引进来就让其生不如死，乔纳森无奈这才有了后面这一连串事情。
赵旭被抓走之后，叶菌等人跟联军方面是一场恶战，不过联军这次原本只是来找乔纳森，没想到会遇到赵旭一行，故此准备不足，除了阿库娅跟奥利维亚之外没有强手，而赵旭他们这边虽然能打的也就叶菌跟奥黛丽，但如今走了一个阿库娅那比起联军方面还是要占据优势，最后奥利维亚一看不敌就带队离开了，只留下了几具尸体。
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