此时，努尔哈赤乘着大雾，越过堑壕，拔掉栅寨，攻占杜军营垒，杜军主力被击溃，伤亡甚众。
后金驻吉林崖的守军在援军的配合下，也打败了进攻之敌，明军西路军主将总兵杜松、保定总兵王宣、原任总兵赵梦麟，都在战斗中阵亡。
明西路军全军覆没。
明军主力被歼后，南北两路明军形孤势单，处境不利。
1619年（明万历四十七年，后金天命四年）三月初一的夜里，明朝北路军由马林率领进至尚间崖，得知杜松军战败，不敢前进，将军队分驻三处就地防御。
马林为保存实力，环营挖掘三层堑壕，将火器部队列于壕外，骑兵继后。
又命部将潘宗颜、龚念遂各率万人，分屯大营数里之外，以成犄角之势，并环列战车以阻挡敌骑兵驰突。
努尔哈赤在歼灭杜松军后，即将八旗主力转锋北上，去尚间崖方向迎击马林军。
1619年（明万历四十七年，后金天命四年）三月初二早晨，马林军队刚要拨起扎营的器物准备向南进军，发现努尔哈赤率领的军队到了，就率军队重回宿营地重新扎营布列战阵。
阵列方形，营地四面有昨夜挖好的三道壕沟，壕沟外排列大炮，放炮的兵皆徒步站立炮后。
大炮的外层，又密密排列一层骑兵，骑兵的前面再排列火枪队，其余众兵都下马，进入三层壕内的营中列阵。
后金军先派一部骑兵横冲明将龚念遂营阵，接着以步兵正面冲击，攻破明军车阵，击败龚军。
明朝刘綎所率的东路军因山路崎岖，行动困难，未能按期进至赫图阿拉。
因不知西路、北路已经失利，仍按原定计划向北开进。
努尔哈赤击败马林军后，立即移兵，迎击刘军。
三月初四，明军东路刘铤军从宽奠出发时，后金东边的人民都躲避到深山老林中去了。
刘铤率军一路上攻占山寨，将瘸子、瞎子等不能动的人杀死，一路向前进军。
刘綎先头部队进至阿布达里岗时，遭到伏击，兵败身死。
努尔哈赤乘胜击败其后续部队。
杨镐坐镇沈阳，掌握着一支机动兵力，对三路明军没有作任何策应。
及至杜松、马林两军战败后，才在三月初五，慌忙传令李如柏军回师。
李如柏军行动迟缓，仅至虎拦岗。
当接到撤退命令时被后金哨探发现，后金哨探在山上鸣螺发出冲击信号，大声呼噪。
李如柏军以为是后金主力发起进攻，惊恐溃逃，自相践踏，死伤1000余人。
朝鲜军队元帅姜弘立率领剩余的五千兵下山来投降，后金设宴款待他们之后，将他们释放回国，并且修书给朝鲜国主光海君。
