李世民听罢大怒，先将侯君集下大理寺三品院拘押。
李世民夸奖阿史那社尔“不见圣上的诏命，秋毫不敢取”的作风，清正廉洁，特赐其高昌国王麴文泰的宝钿刀、绢一千段，并加封其为毕国公，仍旧执掌北牙禁军，守卫玄武门。
将作大匠姜行本在高昌之战中，率领三千工匠，就地建造重型攻城武器，为灭高昌国立下大功，并竖立纪功碑，扬大唐国威！李世民专门下玺书慰劳他：
“攻战之重，器械为先，将士属心，待以制敌。卿星言就路，躬事修营，干戈才动，梯冲暂临。三军勇士，因斯树绩；万里逋寇，用是克平。方之前古，岂足相况！”
进封姜行本为西州郡公，赐绢一千五百段、奴婢七十人。
再下一步流程：高昌国善后问题。
李世民决定在高昌城设置西州，在可汗浮图城设置庭州，在交河城设置安西都护府，并在高昌国故地留军队驻守，但是，李世民的这一决定遭到了魏征和褚遂良两位重臣的反对。
侍中魏征认为：“唐朝发兵攻打高昌，只是为了惩治麴文泰，现在目的达到了，应该安抚其众后撤离，如果在高昌设置州县，则驻守困难，又耗费钱财，对唐朝没有好处。”
谏议大夫褚遂良认为：“唐朝出兵高昌，已经造成凉州供给物资与徭役困难，现在又屯兵驻守，是劳民伤财，我们应该参照处理突厥和吐谷浑的例子，立一个亲近唐朝的统治者，对其实行羁縻统治就行。”
李世民问袁天纲道：“袁爱卿，你是何意见？”
袁天纲奏道：“高昌国地处大唐与西域的中心点，是东西方交通的枢纽，地理位置非常重要。如果我们把高昌国变成与内地一样的郡县，则成为我大唐经略西域的一个重要的桥头堡，不出数十年，西域这大片疆土将会纳入大唐版图。”
于是，从谏如流的李世民没有听从魏征与褚遂良的建议，下诏命在高昌城设置西州，在可汗浮图城设置庭州，在交河城设置安西都护府，委任郭孝恪为西州刺史兼安西都护，率一千唐军驻守高昌，在高昌实行的是与内地同样的制度，而不是羁縻制度，同时又把中原犯了罪的人迁到高昌去居住，以充实边境。
数日后，长孙无忌向李世民劝谏道：
“这次灭高昌国、打跑欲谷设的首功是侯君集，虽然他在没有接到圣上诏命的情况下，就私吞高昌国王宫财物及私纳美女，但可以功过抵消，将大唐将帅下大理寺监狱，并与高昌国亡国妇女当堂对质，有失大唐体面。”
魏征也劝谏：“君主使臣以礼，臣事君以忠。让大唐将帅与一位亡国女子对质公堂，会因小失大。楚庄王为赦免调戏他妃子的臣子，而专门设绝缨之宴。难道圣上还不如楚庄王吗？”
李世民听罢，觉得长孙无忌与魏征说得有道理，于是将侯君集从大理寺三品院中释放出来。
一日，袁天纲与高淑行谈论起侯君集的事，袁天纲说道：
“侯君集恐怕要谋反了。”
“侯君集是圣上在秦王府的旧臣，现在声望已经超过了李靖，他怎么会谋反呢？”高淑行不解地问道。
“侯君集灭高昌国，打跑了欲谷设，功勋卓着。但是他私吞高昌国王室财物及私纳高昌美女，被圣上下狱，虽然他被释放出来了，但是他为此怀恨在心，以后他还会做出十恶不赦的罪行。”
“看来还是老子在《道德经》里说的好：上善若水，水利万物而不争，故莫能与之争。侯君集正是因为贪念太多，才不能独善其身，终将遭来大祸！”高淑行一声叹息道。
