周遇吉怒斩熊通，将首级送往京城，以显示自己效忠明朝的决心。
二月七日，太原沦陷，原任山西巡抚蔡懋德自尽身亡。
李自成在太原休整八天之后，又攻取了忻州，进而急攻代州。周遇吉在代州坚守数天之后，粮尽援绝，率军突围后退保宁武关。
宁武关位于山西中部宁武是由太原北上大同的交通要道，明朝景泰年间建筑关城，与偏关、雁门关一起成为防御鞑靼骑兵的山西三关之一，战略地位极为重要。
奈何周遇吉兵力太少，以山西孤旅是无法与李自成数十万大军相抗衡，代州的失守只是时间问题。宁武关地势险要，而流寇又志在必得，此次战役进行得相当惨烈。
流寇因为在明军火炮猛烈的轰击伤亡较重，曾以“五日不降者屠其城”的宣传攻势希望迫使周遇吉投降，明军火药即将耗尽的时候，一些将领也曾劝说周遇吉改变策略不要一味硬拼，但被“一军皆忠义”的周遇吉断然拒绝。于是在城内设伏，出弱卒诱敌入城，亟下闸杀数千人。
由于周遇吉的顽强抵抗，李自成一度准备放弃攻取宁武关，但他手下的将领们一再坚持，流寇因而再次对宁武关发起了猛攻，在火炮的轰击之下，关城不断坍塌，流寇冲锋的前队战死，后队马上跟进顶替，终于攻破宁武关。
流寇攻入关城之后，周遇吉继续指挥巷战，从战马上摔下来后又徒步奋战不止，在身中数箭被流寇生擒后也仍然破口大骂不愿屈服，流寇将周遇吉悬吊于高竿之上乱箭射死，然后又将尸体肢解。周遇吉的夫人刘氏带领几十名妇女拒守公廨，登上屋顶向流寇放箭，全部被流寇烧死。
城破之后，农民军“遂屠宁武，婴幼不遗”，百姓被杀者甚众。
这就是历史上的周遇吉，朱慈烺心中的大明忠烈。这样的一个将才，不能就此被埋没。
明末崇祯一朝，明军几乎是一触即溃，周遇吉这可璀璨的将星无论在当时还是在历史上均产生了深远影响，李自成因此一度准备撤回陕西，流寇攻入北京之后，流寇们还在说：“若大明的主将都象周总兵那样，我们如何能够打到京城。”
大明官场腐败，很多将领都是靠家庭背景和裙带关系来取得职位，而周遇吉则是凭借战功，累功升迁成为的一代名将。
奈何崇祯不识英雄，若是多给周遇吉一些兵力，李自成断然打不进北京城去。
李自成这一仗损失了数万人，周遇吉抵抗的激烈程度可见一斑。流寇攻破关隘后，周遇吉与明军展开了巷战。
他一人一马，马瘸腿了，他摔下马与流寇肉搏，格杀数十人。被擒住时还大骂不绝。李自成大怒，将他悬挂到高竿之上，命士兵乱箭齐发，后又被分尸。
这样的将才，竟然率两万兵勇，硬生生的平定了山西境内的割据兵权。
仇正、赵四龙和王安这几人坐拥雄兵百万，竟然别只带了两万兵丁的周遇吉，一句歼灭。
